تتألف الخطوط الحديدية الأردنية من الخط الحديدي الحجازي الأردني والذي يمتد من الحدود الأردنية السورية شمال مرورا بالزرقاء وعمان ومعان حتى الحدود السعودية جنوبا حيث تم انشاء هذا الخط بعرض (1050 ملم) خلال السنوات 1901 - 1904 بطول حوالي 460 كم  كجزء من الخط الحديدي الحجازي الذي امر بإنشائه السلطان العثماني عبدالحميد حيث دعى كافة المسلمين الذين ساهموا في تمويله لذلك فقد اعتُبر هذا الخط وقفا اسلاميا لايجوز المساس به ، وفي عام 1943 تم انشاء فرع من معان الى رأس النقب بطول حوالي 43.5 كم للمساعدة في نقل البضائع والفوسفات من والى ميناء العقبة.

تأسست مؤسسة سكة حديد العقبة عام 1975 وباشرت بعمليات نقل الفوسفات بعد الإنتهاء من انشاء خط حطيه ( بطن الغول ) - العقبة عام 1975

حاليا تقوم على ادارة خطوط السكك الحديدية الأردنية مؤسسة الخط  الحجازي الأردني ومؤسسة سكة حديد العقبة و في نهاية عام 2018 بموجب قرار ريأسة الوزراء  تم  إنتقال مؤسسة سكة حديد العقبة من مؤسسة إلى شركة حكومية من ضمن سلطة منطقة العقبة الاقتصادية الخاصة / شركة تطوير العقبة.

في عام 2014 أٌنشئت في هيئة تنظيم النقل البري وحدة النقل السككي لتنفيذ السياسة العامة للنقل السككي وتشجيع الاستثمار في قطاع النقل السككي بما يتفق مع اهداف التنمية الاقتصادية والاجتماعية.